رسالت معاونت پژوهشی دانشکده داروسازی با هدف تولید علم و گسترش مرزهای دانش در عرصه جهانی ، ارتقای جایگاه دانشکده در بین دانشکده های داخل و خارج ازکشور ، کاربردی کردن دانش برای رفع نیاز جامعه و تبدیل ایده به فناوری می باشد. برنامه ریزی و هدایت کلیه فعالیت‌های پژوهشی از جمله امور مربوط به طرح ها و پایان نامه ها، تصویب نهایی و نظارت بر اجرای آنهابر عهده این معاونت می‌باشد.
پیشنهاد و تهیه دستورالعمل های گوناگون پژوهشی ، برقراری ارتباط علمی با دانشگاه های داخل و خارج از کشور ، تلاش برای تجاری‌سازی دستاوردهای پژوهش و فناوری اساتید دانشگاه ، همکاری در ارایه خدمات آزمایشگاهی ، برگزاری سمینارها و همایش های علمی ، نظارت بر امور کتابخانه ها و بانک های اطلاعاتی از فعالیت های دیگر این معاونت می باشد.